Естественная растительность занимает незначительную площадь. По состоянию на 2000 г. пахотные земли составили 90% от всей территории, леса сохранились в виде отдельных массивов, общей площадью 31,1 тыс. га (8%).

Зональные виды лесной растительности представлены широколиственными лесами среднеевропейского типа. Самое широкое распространение получил дуб черешчатый.

В Каменской лесостепной равнине лесная растительность сохранилась на крутых склонах долины Днестра и его притоков. Распространены грабово-дубовые леса из дуба черешчатого с примесью липы, клена, вяза, а на юге - пушистого дуба.

Дубоссарская степная равнина. Сохранились участки на крутых склонах и неудобьях с типчаком, ковылем, бородачом и др. На крутых каменистых склонах встречаются небольшие заросли кустарников терновника, боярышника, шиповника, степной вишни, чилиги. В пойме Днестра сохранились незначительные массивы лесов из дуба черешчатого, береста, осины, клена полевого, вяза, ивы. В глубоких долинах и в верховьях крупных балок расположены участки скумпиево-дубовых рощ из дуба черешчатого.

Кучурганская степная равнина. Степной тип растительности почти полностью уничтожен. Лесами и кустарниками занято около 5%. Доминирующие виды степных сообществ - дерновинные злаки: ковыль волосатик, овсяница (типчак), бородач, тонконог гребенчатый, мятник узколистый, житняк гребенчатый, тимофеевка степная и др.

Уникальная растительность известняковой гряды, выступающей на дневную поверхность вдоль Днестра и его притоков, составляет особую экономическую группу растительных организмов - кальцефилов. Наиболее ярким представителем кальцефилов является: дрок четырехгранный, эндемик, за пределами юго-запада Европы нигде не известен.

Под государственную охрану взято 49 видов редких и исчезающих растений. Лекарственные растения имеются во всех природных зонах Приднестровья.